Pada masa Pemerintahan Hindia Belanda sebelum kemerdekaan Negara Kesatuan Republik Indonesia tahun 1945, jejak sejarah keberadaan Pengadilan Negeri Manna sudah ada pada masa itu. Dalam kurun waktu Pemerintahan Hindia Belanda tersebut, masyarakat diklasifikasikan menjadi 3 (tiga) golongan, yaitu golongan eropa, timur asing dan bumiputera (pribumi), sehingga berdasarkan penggolongan tersebut, pengadilan juga terbagi menjadi 2 (dua), yaitu :

1. Pengadilan untuk orang-orang golongan pribumi;
2. Pengadilan untuk orang-orang golongan eropa atau timur asing.

Kemudian sejak kemerdekaan Negara Kesatuan Republik Indonesia tanggal 17 Agustus 1945, kedua pengadilan tersebut dihapus dan dilebur menjadi Pengadilan Negeri. Berdasarkan Undang-Undang Nomor 23 Tahun 1947 Tentang Penghapusan Pengadilan Raja (zelfbestuursrechtspraak), pengadilan pada masa Pemerintahan Hindia Belanda, diganti menjadi peradilan atas Nama Negara Republik Indonesia, dengan pembagian peradilan menjadi 3 (tiga) yaitu :

1. Peradilan Agama;
2. Peradilan Militer;
3. Peradilan Administrasi.

Kemudian pada Tahun 1948 berdasarkan Undang-Undang Nomor 19 Tahun 1948 Tentang Susunan Dan Kekuasaan Badan-Badan Kehakiman, lingkungan peradilan dibagi menjadi 3 (tiga) yaitu :

1. Peradilan Umum;
2. Peradilan Tata Usaha Pemerintahan;
3. Peradilan Ketentaraan.

Untuk lingkungan peradilan umum dilaksanakan oleh Pengadilan Negeri, Pengadilan Tinggi dan Mahkamah Agung (Pasal 6 dan Pasal 7), kemudian disempurnakan menjadi 4 (empat) lingkungan Peradilan hingga sekarang berdasarkan Undang-Undang Nomor 14 Tahun 1970 Tentang Pokok-Pokok Kekuasaan Kehakiman Jo Undang-Undang Nomor 49 Tahun 2009 Tentang Kekuasaan Kehakiman yaitu :

1. Peradilan Umum;
2. Peradilan Agama;
3. Peradilan Tata Usaha Negara;
4. Peradilan Militer.

Pada tahun 1951, berdasarkan Undang-Undang Darurat Republik Indonesia Nomor 1 Tahun 1951, Pengadilan Negeri Manna pada waktu itu termasuk salah satu Pengadilan Negeri di wilayah hukum Provinsi Sumatera Selatan dan merupakan wilayah hukum Pengadilan Tinggi di Jakarta (Pasal 4 ayat (1) huruf a). Beberapa tahun kemudian yaitu tahun 1964, berdasarkan Undang-Undang Nomor 11 Tahun 1964 Tentang Pembentukan Pengadilan Tinggi Palembang, yang wilayah hukumnya meliputi Provinsi Jambi, Provinsi Sumatera Selatan dan Provinsi Lampung, Pengadilan Negeri Manna termasuk dalam salah satu wilayah hukum Pengadilan Tinggi Palembang. Tahun 1980 dengan diundangkannya Undang-Undang Nomor 9 Tahun 1980 Tentang Pembentukan Pengadilan Tinggi Tanjung Karang dan Perubahan Wilayah Hukum Pengadilan Tinggi Palembang, Pengadilan Negeri Manna beralih masuk menjadi salah satu Pengadilan Negeri dalam wilayah hukum Pengadilan Tinggi Tanjung Karang (Penjelasan Pasal 2 Undang-Undang Nomor 9 Tahun 1980), barulah kemudian Pengadilan Negeri Manna termasuk dalam salah satu wilayah hukum Pengadilan Tinggi Bengkulu hingga saat ini berdasarkan Undang-Undang Nomor 15 Tahun 1982 Tentang Pembentukan Pengadilan Tinggi Bengkulu dan Perubahan Wilayah Hukum Pengadilan Tinggi Tanjung Karang (Penjelasan Pasal 2 Undang-Undang Nomor 15 Tahun 1982).

Pengadilan Negeri Manna Klas II merupakan salah satu Pengadilan Tingkat Pertama dalam lingkungan peradilan umum di wilayah hukum Pengadilan Tinggi Bengkulu. Sebagai ujung tombak Mahkamah Agung Republik Indonesia untuk masyarakat di Kota Manna Kabupaten Bengkulu Selatan bagi para pencari keadilan Pengadilan Negeri Manna senantiasa menjalankan tugas pokok dan fungsinya sebagaimana yang telah ditetapkan dan diatur dalam peraturan perundang-undangan yang berlaku.

Sebelum Gedung Pengadilan Negeri Manna dibangun yang terletak di Jalan Affan Bachsin Nomor 109 Kelurahan Pasar Baru Kecamatan Kota Manna Kabupaten Bengkulu Selatan, Pengadilan Negeri Manna terletak di Jalan Makam Pahlawan-Padang Panjang, Kelurahan Kampung Baru Kecamatan Kota Manna Kabupaten Bengkulu Selatan, kemudian pada tanggal 7 Mei 1983 berpindah di alamat sekarang Jalan Affan Bachsin Nomor 109 Kelurahan Pasar Baru Kecamatan Kota Manna Kabupaten Bengkulu Selatan, Gedung Pengadilan Negeri Manna kala itu diresmikan oleh Bapak Mohd.Arsyad Efendi, SH, Kepala Kantor Wilayah Departemen Kehakiman Lampung dan Bengkulu.

Pada saat ini Pengadilan Negeri Manna Kabupaten Bengkulu Selatan yang secara geografis terletak pada koordinat 4-5° LS dan 102-103° BT.  Dengan luas wilayah hukum lebih kurang 1.186,10 kilometer persegi yang meliputi dari 11 (sebelas) Kecamatan, 16 Kelurahan dan 142 Desa. Sebelah Selatan berbatasan dengan Kabupaten Kaur wilayah hukum Pengadilan Negeri Bintuhan yang dahulu sebelum pemekaran wilayah kabupaten merupakan wilayah Kabupaten Bengkulu Selatan, sebelah Timur berbatasan dengan Propinsi Sumatera Selatan Kabupaten Lahat wilayah hukum Pengadilan Negeri Lahat, sebelah Barat berbatasan langsung dengan Samudera Hindia, sebelah Utara berbatasan dengan Kabupaten Seluma wilayah hukum Pengadilan Negeri Tais yang dahulu sebelum pemekaran wilayah kabupaten juga merupakan wilayah Kabupaten Bengkulu Selatan.

Berikut daftar nama Ketua Pengadilan Negeri Manna dari masa ke masa :

1. Syamsudin, BA;
2. Khatib Usman;
3. Ahmad Basri, B.sc, (1972 s/d 1983);
4. Djazuli Karim, SH, (1983 s/d 1987);
5. Karseno Atmojo, SH, (1987 s/d 1992);
6. R.Abdoel Aziz, SH, (1992 s/d 1997);
7. Sutan Badri, BA, (1997 s/d 1999);
8. Arifin Rusli Hutagaol, SH, (1999 s/d 2000);
9. Solahuddin, SH., M.H., (2000 s/d 2005);
10. Sugeng Riyono, SH., M.H., (2005 s/d 2008);
11. Machri Hendra, SH., M.H., (2008 s/d 2010);
12. Djaniko Girsang, SH., M.Hum., (2010 s/d 2014);
13. Rinaldi Triandiko, SH., M.H., (2014 s/d 2014);
14. Parmatoni, SH., ( November 2014 s/d Januari 2016);
15. Ade Sumitra Hadi Surya, SH., M.Hum., (Januari 2016 s/d Desember 2017);
16. Heri Kurniawan, SH., M.H., (Desember 2017 s/d Juli 2020);
17. Rachmansyah, SH., M.H., (Juli 2020 s/d November 2021).
18. Cokia Ana Pontia O, S.H.,MH., (November 2021 s/d Desember 2023)
19. Paisol, S.H., M.H. (Desember 2023 s/d Sekarang)